从《星汉灿烂》到《月升沧海》，除了程少商和凌不疑的爱情线以外，贯穿全剧的还有劣质军械案和霍家灭族谜案两条伏线。
这两条伏线从始至终一直相互缠绕，直到现在才初露端倪，凌不疑在调查中似乎接触到了核心，又貌似没有得到要领。
当年戾帝昏庸残暴，民不聊生，天下豪强揭竿而起，最后形成霍氏、文氏、越氏为首的三大氏族反抗势力。
三大氏族成为了推翻戾帝统治的命运共同体，这样因为共同利益而结成的同盟，也会因为分配不均而分崩离析。
而在这三大氏族中，霍氏集团的代表霍翀最具军事指挥才能。
文氏集团的代表，还没有坐拥天下的文帝最有领导才能。
相对实力较弱的越氏集团的代表小越侯，头脑灵活，处在时时观望状态，一直在霍、文两大集团之间摇摆。
经过历年鏖战，终于迎来了带有历史转折性和决定性的战役——孤城之战。
孤城是戾帝统治之下京师的门户，孤城攻破之日就是戾帝灭亡之时。
经过数次攻守相易，霍翀麾下的霍家军终于攻占了孤城，可又陷入敌军的重重包围之中。
敌我双方由最初的攻城之战，转入了阵地战和短兵相接的巷战，战况异常惨烈。
战斗中，霍翀发现霍家军所使用的军械都是以次充好的劣等品，在与敌军的撕杀中简直不堪一击，顿时心生疑窦。
而此时，指挥后方大军的文帝已经接到了霍翀请求支援的消息，派越氏大军的小越侯带兵前去救援。
而和霍翀一起在城内待援的凌益，正是伙同老雍王偷换军械的始作俑者，怕战后事情败露，借乱军之际杀了自己的大舅哥。
此时，前往救援孤城的小越侯，怕霍氏一族战后做大，在战后排排座，吃果果时，分得最大的那一颗。
他假称派出去的探马因为城外有瘴气，而无一折返，军队不敢冒进为由，放缓了行军速度。
此举一是让霍氏实力大损，失去争夺天下的能力。二是等孤城内敌我两败俱伤之际，再催动大军前去摘桃子。可谓是一箭双雕。
所以，小越侯派人在半路将探马全部劫杀，伪装成被瘴气毒死的假象。
当老乾安王带领第二路救援人马临近孤城时，同样被得到消息的小越侯派人击杀，也伪造成了被瘴气毒死的假象。
最终，霍氏一族在孤城一战中全族战死，只留下凌益、霍君华和幼年凌不疑三个幸存者。
其实这一切都在表面上看似人畜无害的文帝的算计之内。
虽然文帝与霍翀是发小，是铁磁，但是在利益面前，霍翀还是单纯了。
文帝胸有大志，早就习得帝王心术，将拉拢、威胁、制衡等手段运用娴熟。
一方面他在争夺天下时要依仗霍氏的家族实力和霍翀的军事才能。
另一方面还要防备霍氏做大，日后成为天下的共主，可以说是麻杆打狼——两头怕。
文帝能驱动其他两大氏族为己所用，定有其过才的胆略和才能，这也基于他对人心的把控和了解。
在孤城坚守待援时，他在派出援军时，就展现了他高超而又圆润的手法。
因为他了解小越侯是墙头草，不会看着霍氏一族做大作强的，所以他心明镜似的，小越侯不可能真的去救，一定会想办法拖延救援时间。
而之后派出的老乾安王一路，与其说是真救，不如说是乘霍、越两族被敌军杀得实力大损时，坐享胜利果实去了。
如果文帝的设想成真的话，天下到最后就只剩下实力最强的文氏一族了。
所以说，文帝在孤城谜案中，是最大的幕后推手，是他放任了孤城惨案结果的发生，他有不可推卸的责任。
在文帝夺得天下，坐上皇帝宝座之后，他将凌不疑认为义子，按皇子的续齿，位列十一郎。赐予凌不疑生杀予夺的大权，从生活到工作都为凌不疑创造极为宽松的环境。
同时，他又阻止凌不疑去查清劣质军械案，就是雍王一家事情露，他也是明告凌不疑到此为止，故意不去深究。
其实就是为了怕自己牵扯其中，打破了自己在凌不疑心目中的美好形象。
凡此种种，都是抱着一种愧疚和赎罪的心态。而每次一有战争任务，多数是派凌不疑率军出征，这里面是不是也有希望其战死的阴暗心理呢？
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