在《暗潮缉凶》播出期间，观众的反响并不热烈，甚至可以说是颇具争议。其中一个最为人所诟病的点便是该剧的尺度显得过于保守。例如，凶手侵犯沈小舟时所使用的凶器竟未能真实呈现，这无疑让不少观众感到失望。此外，作为一部刑侦悬疑剧，故事却花费了过多的时间来展开家庭矛盾的戏码，而剧中涉及到的家庭所面临的困境几乎每个角色都显得举步维艰。这种情节安排容易让人觉得与主题不符，似乎在“挂羊头卖狗肉”。
岳鸿飞的角色转变同样引人侧目。从最初为员工争取权益的好厂长，到最终为了圈钱而低价出售厂子的反派，过程中的逻辑似乎缺乏合理的支撑。假如岳鸿飞的动机是出于对女儿的担忧，认为配合李龙和会 adversely affect 其女儿的境地，那么所作所为无疑显得荒谬。毕竟，春夏已经知道扈向泽与李龙和联手将沈小舟害死，真正应该感到恐惧并作出妥协的应是他们。
看过最终集的观众会明显感受到《暗潮缉凶》的结局被删减得尤为严重。例如，石强锋生父是囚犯的情节，以及李达达的弟弟获得胜利的剧情完全被掩盖。石强锋刚成为连海平的徒弟时，内心既充满敬仰，又有些反感。通过调查十多年前的旧案，他意识到自己生母云帆曾与连海平有过一段恋情，这让他更疑惑自己是否可能是连海平的儿子。他误以为连海平考入大学后抛弃了恋人，成为了无情的负心汉。
然而，随着DNA检测报告的公布，真相逐渐浮出水面，石强锋才意识到连海平并非他所想的那样自私。他真正的父亲，却是那个让云帆选择跳海自杀的囚犯。否则，石强锋在探监时，穿着囚服的那个男人怎会厚颜无耻地声称自己的血脉有机会成为警察。同时，石强锋的母亲选择与连海平分手，极有可能与遭遇强暴、怀孕的创痛有关。
李达达虽是李龙和的亲生儿子，但导演巧妙地设计了两人在剧中从未同框的情节，以至于观众直至李达达被捕之时才得知他们的血缘关系。这种安排不仅为观众留下悬念，同时也暗示了李达达与父亲之间的紧张关系。造成父子间嫌隙的原因主要是李龙和对小儿子的偏爱，而对李达达的关心明显不足。尽管李达达口中充满对父亲的怨恨，实际上他仍然将李龙和视为重要人物，甚至愿意替沈小舟承担罪责。
反观李龙和，他的冷酷无情令人心寒，早在整件事情发生之前，他就计划让李达达替扈向泽顶罪，以求尽快结案，避免金海一号建筑用地的环境评估问题被揭露。尽管最终李龙和遭到报应，死于地道之中，但他并不算彻底失败，因为他的小儿子依然在国外过着无忧无虑的生活。
