《生命树》迎来了大结局，长达十七年的沉寂终于破晓。多杰的遗体被找到了，真相浮出水面，那些坚守着的身影，等待的正义，终于得到了迟来的回应。
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多杰之死的真相，源自十七年前的那一段往事。当时，多杰正乘车前往某地，王富民悄然跟踪在后。王富民在途中对他进行了袭击，而后，孟耀辉奉冯克青的命令前来埋伏。然而，孟耀辉到达现场后，才意识到，面前的多杰，正是当年在沙娃子逃亡时，他的救命恩人。那一瞬间，孟耀辉没有开枪，反而果断解决了王富民，放过了多杰。孟耀辉对他说：我不欠人情，你能不能活，取决于你自己。 他放了多杰一命，却没有再施救，只是转身离开。
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几乎没有人知道，孟耀辉再次返回现场时，看到多杰的车停在路边，但车早已被人带走。他记住了车牌尾号是58，而后将车拖到荒野中焚烧。多年后，韩学超发现的那具骸骨，其实是王富民的，遗落的刀具旁边，是多杰在反抗时刺伤王富民所遗留下的痕迹。
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与此同时，林培生的故事也渐渐浮出水面。当年，多杰的航班信息，就是他泄露的。尽管很快后悔，但当他意识到冯克青已经动手时，他拼命开车赶去救援，但依然晚了一步。林培生赶到时，多杰已经身受重伤，奄奄一息。多杰靠在座椅上，艰难地对林培生说道：就算康卓玛来了，也救不了我。他早已看出林培生的问题，因为一上飞机，他就遇到了冯克青，而冯克青手中拿的文件上，有着县政府的公章。当时，多杰便轻描淡写地说：我知道盖章的人是你。
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尽管察觉到了这一切，最后多杰依然轻声说：我们共事二十年，争执过无数次，但我知道你是个好人，你的初衷是为了牧民和草原。 这番话让林培生泪如雨下，他递给多杰香烟，却被多杰摇头拒绝：不抽了，你不喜欢烟味。 说完这些话，多杰便永远闭上了眼睛。林培生抱着他的遗体，悲痛欲绝。尽管心中满是悔恼，但为了掩饰自己与冯克青的关系，他最终没能向任何人揭露真相，选择将多杰埋葬在荒野。这一埋，便是十七年。
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时光流转，十七年后，真相逐渐浮出水面。白菊和省环保督察组一直怀疑鑫海集团有盗采行为，但始终没有实质证据。林培生试图帮助妻子朱莉伪造身份让她逃跑，却被冯克青拿出当年他泄露多杰航班信息的证据，彻底掌控了林培生的命运。就在此时，转机出现在了白椿身上。白菊从白椿口中确认了鑫海确实存在盗采行为，而之前督察组的检查也因有人通风报信而失败。孟耀辉更是带人伪造现场痕迹，企图掩盖真相。然而，白椿实际上一直在鑫海担任卧底，始终为揭露真相而努力。
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白椿告诉白菊：我妹是警察，警察会保护我，咱妈爱你，我也爱你。 尽管如此，关键的证据一直未能找到。白菊最终换上鑫海的制服，在白椿的掩护下，偷偷混进了资料室。当她打扫孟耀辉的办公室时，无意中发现了一个包，包内藏着一把狙击枪。
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孟耀辉回到办公室后，认出了戴口罩的白菊。他拿出现金流水账单和监控记录，向白菊求情，愿意在两天内举报鑫海，但要求自己能离开。白菊反问道：你曾经把枪口对准别人时，是否想过把枪口抬高一寸，给对方留一线生机？这话刺痛了孟耀辉，他愤怒地扑向白菊，掐住了她的脖子。幸亏白椿及时赶到，一脚将孟耀辉踢开，救下了白菊。然而孟耀辉趁机逃走，白椿在追赶时，不幸中了一枪。
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白菊追击孟耀辉至山区，两辆车在狭窄的道路上激烈追逐。她开枪击中了孟耀辉的车，最终将他逼停。她气喘吁吁地逼问：多杰在哪？ 孟耀辉瘫坐在车门旁，眼神空洞，他说：我没杀多杰，我不知道他在哪。 随后，他将十七年前的一切全盘托出。
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根据车牌尾号58，白菊追查到了林培生。林培生带着白菊找到了多杰的埋葬地点。他向白菊说：我一步错，步步错。 白菊坚定地告诉他：这不是借口，真正内心坚定的人，不是靠别人支持，而是要自己心里有底线。
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白菊在地上插上了一根烟，默默地祭拜多杰。最终，林培生因协助毁灭证据罪、滥用职权罪，被判无期徒刑。妻子朱莉也未能顺利逃离。鑫海集团被依法取缔，黄硕被判18年，汪瑾梅则被判15年。
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揭开真相的过程付出了沉重的代价。白菊曾因报复遭遇破产，张勤勤投的10万元也打了水漂。白菊一度迷茫：为了一个真相，真的值得为此牺牲整个家吗？ 邵云飞看着她，温柔地说：你是不会停下来的，必要时就大胆往前走，我会留下来看家。 他告诉她，博拉木拉是他去过的最高的地方，不仅是海拔，更是心灵的高度。两人一直并肩作战，在保护藏羚羊、守护这片土地的过程中，他们坚定不移，毫不退缩。
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他们不仅是爱人，更是战友。尽管家中白菊睡在床上，邵云飞却愿意睡沙发。每天清晨，邵云飞都会为她准备早餐；当白菊感到难过时，邵云飞会将她拥入怀中。最终，他们复婚，带着苓苓前往省城生活。多年后，当头发花白，他们回到了博拉木拉，苓苓也成了环保志愿者。这片土地永远是他们的家。
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如今的博拉木拉，藏羚羊在广袤的草原上自由奔跑，环境得到了自发的保护。这里，是多杰当年所希望看到的景象。
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十七年，承载着无数委屈与坚守，终于迎来了属于正义的时刻。巡山队的队员们终于等到了那一天，坏人得到了应有的惩罚，多杰的冤屈得以昭雪。
