治疗结膜炎应以病因治疗为主，通常采用局部给药方式，如滴眼液、眼药膏以及冲洗结膜囊等。在某些情况下，可能需要全身用药。急性期不宜包扎。
滴眼是治疗结膜炎的基本方法。对于由微生物引起的结膜炎，应当选用敏感的抗生素或抗病毒滴眼液。如果病情严重，在药物敏感性试验结果出来之前，可以先使用几种混合抗生素滴眼液。急性期间需频繁使用滴眼液，随着症状改善可逐渐减少使用频率。
眼膏因其能在结膜囊内停留较长时间，建议在睡前使用，这样可以发挥持续的治疗效果。
当结膜囊分泌物较多时，可用无刺激性的冲洗液进行冲洗，以清除分泌物。需要注意的是，避免让冲洗液流入健康的眼睛中，以防造成交叉感染。
对于严重的结膜炎病例，例如淋病奈瑟菌性和衣原体性结膜炎，除了局部用药外，还需配合全身性抗生素或磺胺类药物治疗。
