疱疹咽炎和疱疹咽峡炎的主要区别在于病原体类型和病变范围。疱疹咽炎主要由单纯疱疹病毒1型引起，病变集中于咽部黏膜；而疱疹咽峡炎则由柯萨奇病毒A组导致，病变范围包括咽部及口腔后部的咽峡区域。
疱疹咽炎的病原体是单纯疱疹病毒1型HSV-1，属于DNA🧬病毒，具有潜伏感染特性；疱疹咽峡炎由柯萨奇病毒A组多为A16型引起，属于肠道病毒，通过粪口途径传播。两者病毒结构和传播途径存在本质区别。
从病变部位来看，疱疹咽炎病变局限于咽部黏膜，可见咽后壁及扁桃体周围散在疱疹；疱疹咽峡炎典型表现为软腭、悬雍垂及咽峡部多发溃疡，常伴随口腔前部黏膜受累，呈现特征性的"手-足-口"分布趋势。
症状方面，疱疹咽炎以突发高热、咽痛为主要表现，疱疹破溃后形成浅表溃疡；疱疹咽峡炎除咽痛外，特征性表现为口腔后部小水疱，多伴有食欲减退和流涎，婴幼儿可能出现拒食现象。
病程进展上，疱疹咽炎大约持续7-10天，易复发；疱疹咽峡炎具有自限性，通常5-7天痊愈，但柯萨奇病毒可能引发心肌炎等严重并发症。两者发热持续时间、并发症风险存在显著差异。
治疗原则也有所不同。疱疹咽炎需抗病毒治疗，常用阿昔洛韦、泛昔洛韦等核苷类似物；疱疹咽峡炎以对症处理为主，重症可考虑干扰素喷雾。两者均需隔离处理，但疱疹咽峡炎的传染性更强，需加强接触物品消毒。
日常护理需要注意保持口腔清洁，使用生理盐水漱口缓解疼痛。饮食宜选择温凉流质食物，避免酸性或坚硬食物刺激溃疡面。对于疱疹咽峡炎患儿，应密切观察有无肢体无力、呼吸急促等『神经系统』或心肺并发症表现。恢复期适当补充维生素B族和维生素C，促进黏膜修复。两种疾病均需避免与他人共用餐具，疱疹完全结痂前应居家隔离。
