治疗幽门螺旋杆菌的药物可能引起胃肠道反应、过敏反应、肝功能异常、『神经系统』症状及耐药性等副作用。常用药物包括阿莫西林胶囊、克拉霉素片、枸橼酸铋钾颗粒、奥美拉唑肠溶胶囊和甲硝唑片等，需严格遵医嘱使用。
阿莫西林胶囊和克拉霉素片可能引起恶心、呕吐、腹泻或腹胀等消化道不适。部分患者服药后会出现食欲减退或口腔金属味，尤其甲硝唑片可能导致舌苔发黑。症状较轻时可随餐服用减轻刺激，若持续加重需就医调整用药方案。
青霉素类抗生素如阿莫西林胶囊可能引发皮疹、皮肤瘙痒等过敏现象，严重时可能出现喉头水肿或过敏性休克。用药前需明确过敏史，初次服用后应观察皮肤和呼吸状况。出现荨麻疹或呼吸困难需立即停药并接受抗过敏治疗。
克拉霉素片和奥美拉唑肠溶胶囊可能引起转氨酶升高，表现为乏力、黄疸或右上腹隐痛。长期大剂量使用铋剂如枸橼酸铋钾颗粒可能增加肝脏代谢负担。用药期间建议定期监测肝功能，避免合并使用其他肝毒性药物。
甲硝唑片可能诱发头痛、眩晕或肢体麻木等周围神经病变，高剂量使用时更易发生。奥美拉唑肠溶胶囊偶见失眠或嗜睡等中枢『神经系统』反应。出现持续头晕或手脚刺痛感时应及时告知医生评估是否需要减量。
不规范用药易导致幽门螺旋杆菌对克拉霉素片或甲硝唑片产生耐药性，表现为疗程结束后复查仍阳性。须严格完成14天联合用药疗程，避免自行增减药量。治疗失败者需通过药敏试验调整抗生素组合方案。
服药期间应戒酒以避免双硫仑样反应，尤其服用甲硝唑片期间。建议分餐制防止交叉感染，餐具定期煮沸消毒。完成治疗后4-8周需进行碳13/14呼气试验复查，日常可适量食用酸奶或益生菌制剂调节『肠道菌群平衡』。出现严重副作用如持续腹泻、皮疹或黄疸时，家长需立即带孩子就医。
