漱口水可以杀死部分口腔细菌，但无法彻底清除所有细菌。其清除效果取决于漱口水的成分、使用频率、个人口腔卫生习惯、细菌种类及口腔环境等多种因素。
漱口水中的抗菌成分如氯己定和聚维酮碘能有效减少口腔内细菌数量，特别是对引起牙龈炎和口臭的厌氧菌有显著效果。日常使用含氟漱口水有助于预防龋齿，但也需注意部分产品可能破坏口腔菌群平衡。对于牙菌斑等顽固性细菌聚集物，漱口水只能起到辅助作用，机械清洁仍是关键。
一些药用漱口水在牙周炎急性期或口腔手术后能针对性杀灭致病菌，但长期使用可能导致口腔黏膜刺激或味觉改变。儿童和孕妇等特殊人群应选择无酒精配方的产品。漱口水不能替代刷牙和牙线清洁，对隐藏在牙缝和窝沟处的细菌作用有限。
建议将漱口水作为口腔护理的辅助手段，配合巴氏刷牙法和牙线使用。选择时应注意查看成分表，避免含酒精的产品以减少对口腔黏膜的刺激。使用后30分钟内避免进食以保持效果，若出现口腔刺痛或灼烧感应立即停用。定期进行口腔检查并结合专业洁牙才能实现更全面的细菌控制。
