生物钟紊乱可以通过调整作息、光照疗法、药物治疗、心理干预和中医调理等方式进行治疗。这种紊乱可能与昼夜节律失调、睡眠障碍、精神压力、内分泌异常以及环境因素有关。
建立规律作息是改善生物钟紊乱的基础措施。建议固定每日起床和入睡时间，即使周末也尽量保持一致。睡前1-2小时避免使用电子设备，减少蓝光对褪黑素分泌的抑制。白天适度进行有氧运动如快走或游泳，有助于夜间深度睡眠。避免午睡超过30分钟，防止影响夜间睡眠驱动力。
特定时段的光照暴露能重置生物钟。晨间使用10000勒克斯以上的强光照射30-60分钟，可提前睡眠相位；傍晚光照则可能延迟睡眠时间。冬季日照不足时，可以使用模拟日出效果的唤醒灯。需要注意的是，光照强度和时间需个体化调整，过度光照可能导致头痛或躁动。
短期可使用褪黑素缓释片调节睡眠觉醒周期，例如雷美替胺胶囊。对于伴有失眠者，可遵医嘱使用右佐匹克隆片等短效催眠药。抑郁相关的节律紊乱可考虑阿戈美拉汀片。所有药物均需严格遵循医嘱，避免自行调整剂量或长期使用产生依赖性。
认知行为疗法能改善对睡眠的错误认知，通过睡眠限制和刺激控制重建生物钟。放松训练如渐进式肌肉放松可降低睡前焦虑。存在明显情绪障碍时需配合专业心理咨询，处理压力源对生物钟的影响。建立睡前仪式感如阅读或冥想也有助于身心同步。
中医认为生物钟紊乱与脏腑气血失调相关。可以尝试针灸调节手厥阴心包经和足少阳胆经穴位。中药如酸枣仁汤加减适用于心肾不交型失眠，归脾丸对心脾两虚型昼夜节律失调有效。耳穴压豆选取神门、皮质下等穴位也能辅助调节。这些方法需要由专业中医师辨证施治。
维持稳定的睡眠环境温度在18-22摄氏度，选择合适硬度的床垫和透气寝具。晚餐避免高脂辛辣食物，可适量食用小米粥、香蕉等富含色氨酸的食物。长期倒班工作者建议采用顺时针轮班制，每班次至少维持2周。旅行时差调整可提前3天逐步改变作息。若自我调节无效或伴随持续日间功能障碍，应及时到睡眠专科就诊评估。
