鱼腥草根是一种兼具药用和食用价值的植物，它可以直接生食，尤其适合与辣椒一同凉拌，这种搭配能中和鱼腥草的寒性与辣椒的热性，对于风热感冒、疱疹或泌尿系统感染有一定的辅助调理作用。生食状态下，鱼腥草的消炎效果最佳，但其独特的强烈腥味可能让部分人难以接受，据说一根鱼腥草的腥味堪比整个海鲜市场的集合。为了减轻腥味，可尝试将鱼腥草在加入白醋和盐的沸水中快速浸泡2分钟后用冷水冲洗。
除了生食，鱼腥草也可通过烹饪来享用，如与其它药材泡服或与咸肉同炒，这样的食用方式更为温和，适宜体质虚弱者。家常的食用方法包括凉拌，广受大众喜爱。对于老人、体弱者，用鱼腥草炖鸡是一道滋补佳肴，添加少许芝麻油更能起到润心效果。产后妇女首次饮用鸡汤时加入鱼腥草，还能帮助预防产后风。
至于新鲜鱼腥草的保存，有两种常见方法：一是将其用塑料袋包裹，存放在冰箱的低温湿润环境中，或者直接埋入湿润土壤中保持新鲜；二是干燥保存，这要求选取纯净无污染环境下生长的鱼腥草，经过清理、洗净、切段后，暴露于阳光下直至完全干燥，即可封装保存，作为中药材使用，无论是泡茶、煎煮还是煲汤皆宜。
