肾囊肿早期通常无明显症状，随着病情发展可能出现腰部钝痛、腹部肿块、血尿、高血压及反复尿路感染等症状。
增大的囊肿压迫肾包膜或周围组织可引起单侧腰部持续性隐痛，活动后可能加重。疼痛多位于肋骨下缘与髂嵴之间的区域，若囊肿合并出血或感染时疼痛可突然加剧。
体积超过5厘米的囊肿可能在腹部触诊时被发现，表现为表面光滑、质地柔软的包块。巨大囊肿可导致患侧腰部膨隆，但需与肾脏『肿瘤』进行鉴别诊断。
囊肿壁血管破裂或合并结石时可出现镜下血尿或肉眼血尿，通常为间歇性发作。部分患者可能因红细胞破坏出现酱油色尿，需警惕囊肿恶变可能。
囊肿压迫肾实质导致肾素-血管紧张素系统激活，约30%患者会出现继发性高血压。血压升高多表现为舒张压显著增高，常规降压药物效果可能欠佳。
囊肿与尿路相通时易引发细菌逆行感染，表现为尿频尿急、排尿灼痛等膀胱刺激症状。反复发作的肾盂肾炎可能提示存在复杂性肾囊肿。
建议肾囊肿患者每6-12个月进行超声复查，避免剧烈运动防止囊肿破裂。饮食需限制每日钠盐摄入在5克以下，适量增加水分摄入维持尿量在2000毫升左右。可进行游泳、太极拳等低冲击运动，避免腰部直接撞击。若出现持续发热、剧烈腰痛或血尿加重等情况需立即就医。
