全飞秒激光手术的弊端主要包括术后干眼症、角膜生物力学改变、夜间视力下降、角膜扩张风险及眩光问题。虽然这种手术安全性较高，但需要严格评估个体适应症。
全飞秒手术会暂时切断部分角膜神经纤维，导致泪液分泌减少，约30%的患者在术后3-6个月内会出现『眼睛干涩』、异物感。可以通过使用人工泪液如玻璃酸钠滴眼液来缓解症状，严重者可能需要使用环孢素滴眼液。角膜神经通常需要6-12个月逐步修复，在此期间应避免长时间用眼。
手术会改变角膜前部基质层结构，术后角膜强度降低约20%。高度近视或角膜较薄的患者可能发生角膜膨隆，需通过角膜地形图定期监测。术前角膜厚度不足480微米或角膜曲率异常者不建议进行手术。
约15%的患者术后会出现夜间眩光、光晕现象，尤其是瞳孔直径大于6毫米的人更容易发生这种情况。这与角膜切削区光学区设计有关，多数患者在3个月内逐渐适应，严重者可以考虑使用匹罗卡品滴眼液缩小瞳孔以改善症状。
极少数患者在术后数年可能会出现进行性角膜变薄和前凸，这可能与术前未发现的圆锥角膜倾向有关。需要通过角膜胶原交联术加固，严重者甚至需要进行角膜移植。术前筛查角膜地形图异常是预防的关键措施。
术后早期常见对强光敏感的现象，这与角膜水肿及上皮修复相关。建议外出时佩戴防『紫外线』太阳镜，避免驾驶时直视车灯。通常情况下，这种敏感会在1-3个月内逐渐减轻，如果持续存在，则需要排除高阶像差问题。
术后应严格遵医嘱使用抗生素滴眼液如左氧氟沙星滴眼液预防感染，避免揉眼及游泳3个月。定期复查角膜地形图与眼压，若出现视力骤降或眼痛需立即就诊。长期保持每天使用人工泪液，室内湿度建议维持在40%-60%，每日屏幕使用时间控制在6小时内。
