细菌性结膜炎易与病毒性结膜炎、睑缘炎相混淆，因此需要从病史和相关检查两方面入手，才能准确判断并进行针对性治疗。以下是几种常用的检查方法：
进行视力检查可以确定患者是否存在视力下降、视物模糊或视野缺损等症状。眼压检查则可以帮助判断患者是否有眼压升高的症状，从而采取综合措施消除危害。
颌下及耳后淋巴结检查能够帮助医生判断患者是否存在颌下淋巴结或耳后淋巴结增大的情况。此外，眼睑及附件检查也非常重要，通过这项检查可以了解患者是否出现眼睑水肿、眼睛疼痛、灼热感、异物感、流泪或怕光等症状。
对于重度细菌性结膜炎患者来说，裂隙灯检查是必要的，它可以帮助进一步观察结膜充血水肿、结膜松弛、瘢痕形成、结膜乳头增生、角膜上皮缺损、角膜溃疡以及角膜水肿等情况。最后，结膜囊分泌物细菌培养检查有助于明确病原体类型，从而制定更有效的治疗方案。
