肾囊肿的危害程度取决于其类型、大小及是否引发并发症。单纯性肾囊肿一般不需要治疗，而复杂性囊肿可能导致肾功能损害、感染或高血压。
较大肾囊肿可能压迫周围组织，引起腰部钝痛或胀痛，严重时会影响肾脏血流供应。直径超过5厘米的囊肿需要考虑在超声引导下穿刺抽液或进行腹腔镜囊肿去顶术。
囊肿内液体滞留可能成为细菌培养基，导致感染。突发发热、腰痛伴尿频是感染的迹象。治疗通常需要使用左氧氟沙星、头孢曲松等抗生素，顽固性感染则需手术引流。
多囊肾等遗传性疾病可使双侧肾脏布满囊肿，导致肾小球滤过率逐渐下降。控制血压首选ACEI类药物如贝那普利，终末期患者可能需要血液透析或肾移植。
囊肿压迫肾实质会激活肾素-血管紧张素系统，引发难治性高血压。监测血压变化并联合使用缬沙坦与氨氯地平可以改善靶器官损害。
外伤或自发破裂可能导致腹膜后血肿，表现为剧烈腰痛和血尿。紧急处理包括卧床制动，严重出血需介入栓塞或部分肾切除术。
定期进行超声监测囊肿变化，每日饮水量应维持在2000毫升以上，避免高对抗性运动。出现持续腰痛、血尿或血压骤升时应及时就诊。遗传性多囊肾患者的直系亲属也应进行筛查。饮食上应注意低盐优质蛋白，优先选择鱼肉、鸡蛋白等易消化的蛋白质来源，合并肾功能不全时需限制钾、磷摄入。
