病毒性结膜炎一般在7-14天内可以痊愈，但实际恢复时间会受到多种因素的影响，如病毒类型、免疫力水平、是否合并细菌感染、治疗依从性以及用眼卫生等。
腺病毒引起的流行性结膜炎病程较长，通常持续2-3周；而肠道病毒或单纯疱疹病毒导致的结膜炎多在1周内缓解。不同病毒对眼表组织的侵袭力差异直接影响炎症消退速度。
儿童和老年人由于免疫功能较弱，恢复期可能延长至3周。糖尿病患者或长期使用免疫抑制剂者，病毒清除效率较低，容易出现反复发作。保持充足睡眠和均衡营养有助于缩短病程。
约30%的病例会继发细菌感染，表现为黄色脓性分泌物增多，此时需要加用抗生素滴眼液。合并感染可使病程延长5-7天，需通过微生物培养确认病原体。
早期使用更昔洛韦滴眼液能缩短疱疹病毒性结膜炎的病程。冷敷可以缓解充血症状，但自行使用含激素的眼药水可能会加重病毒感染。必须严格遵医嘱完成疗程。
接触眼部分泌物后未彻底洗手会导致重复感染。患病期间应避免佩戴隐形眼镜👓，毛巾需每日煮沸消毒。过度用眼会加重结膜充血，建议每小时闭目休息10分钟。
病程中增加富含维生素A的食物如胡萝卜、菠菜，可以促进角膜上皮修复。避免辛辣刺激饮食以减少结膜充血。恢复期可以进行眼球转动训练改善血液循环，但游泳等可能污染眼部的运动需暂停。若14天后仍存在明显畏光、视力模糊或眼痛加剧的情况，需排查角膜并发症。儿童患者如果出现眼睑水肿持续不褪，应及时复查排除过敏性结膜炎混合感染。
