中菲公务船在黄岩岛发生对峙，持续近一天时间。菲律宾媒体和西方媒体对此保持沉默。菲律宾海军发言人罗伊·文森特·特立尼达面对记者提问时回避问题，仅表示中方的报道有虚假成分。
中国海警随后更新了现场视频，显示菲律宾3016船在中方3301舰首进行大角度转弯，对中方装备和人员构成威胁。中方海警成员喊话要求菲律宾船只停止危险举动并远离12公里临海线。在警告⚠️无效后，中方使用水炮射击，迫使菲律宾3016船撤离。然而，菲律宾3014船不仅不听从命令，还故意冲撞中方3301舰。
中国海警船采取左右夹击战术，在9月16日上午9点14分左右，用水炮对准3014船右舷持续喷射29分钟，导致该船严重损坏，包括舰桥后窗玻璃破碎、船长舱隔板损坏及多个空调装置短路。一名菲律宾人员因玻璃破碎受伤。期间，菲律宾其他舰船试图派遣小艇救援，但均未敢靠近，只能在周边打转。
最终，菲律宾3014船的一名船员举白旗求饶，请求中方停止喷射。这并非菲律宾首次举白旗，去年3月，菲律宾企图向仁爱礁非法运送物资时也曾被中方海警喷射水炮，当时也举白旗求饶。
上午8点30分，中国海军054型护卫舰马鞍山舰宣布在黄岩岛以东区域进行实弹演习。火炮声和水炮射击让菲律宾海上人员感到恐慌。菲律宾方面称此举给其造成极大恐慌。
尽管如此，菲律宾海警仍在9月16日晚间发布多张照片，试图展示菲律宾海警为渔船发放补给的情景，试图掩盖事实。实际上，这些船只距离黄岩岛70公里，并不敢靠近。菲律宾海军发言人表示不会允许中国在黄岩岛建立自然保护区，但在记者追问具体回应措施时，他匆匆结束了发言。这次事件未能转移国内注意力，反而可能引发更多批评。
