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大拇指指甲被拔掉后，会导致甲床受到损伤，此时进行灰指甲治疗可能引起继发性感染或者加重病情。

因为拔除指甲后，甲床的防御能力下降，真菌容易入侵和繁殖，从而增加感染的风险。此外，拔除指甲后的创口需要一段时间才能愈合，如果在此期间不注意个人卫生和护理，也容易引发细菌感染，进一步恶化灰指甲的症状。因此，在治疗灰指甲时应谨慎考虑是否同时处理受累的指甲，以免造成不必要的风险。

如果患者存在免疫缺陷或正在接受免疫抑制治疗，则患灰指甲的风险会相应增加。

在治疗灰指甲的过程中，患者应注意保持足部干燥、清洁，并定期使用抗真菌药膏或口服药物以控制真菌感染。对于已经拔除指甲的患者，应特别关注伤口的愈合情况，避免接触污水或其他可能导致感染的物质，以减少感染的风险。