皮疹最初表现为外生殖器的小丘疹，随后24至48小时内迅速转变为脓疱。大约3至5天，脓疱破裂形成边缘清晰的溃疡，边缘呈锯齿状，周围伴随炎症红晕。溃疡底部覆盖着黄色脓苔及分泌物，去除脓苔会露出出血点，伴有显著疼痛感，触感柔软，这便是软下疳的特点。
病灶区域的淋巴结往往会肿大，且约半数患者在一至两周内形成溃疡，通常单侧发生，男性更为常见。这种淋巴结炎症称为横痃，急性化脓时会呈现腹股沟淋巴结炎的症状，特点是单侧红肿热痛，严重时溃疡外翻形似鱼嘴，俗称为“鱼口”。现今由于及时采用有效治疗手段，这类典型横痃已较少出现。
该病的潜伏期一般为2至3天，多数患者在一周内发病，少数病例可能延迟至几周。相比之下，女性患者的症状通常较轻，潜伏期也较长。
软下疳最初可能只有一两个病灶，但能通过自我接种在周边形成新的病变。这些病灶大多位于外阴部：男性常见于冠状沟、包皮、龟头及包皮系带；女性则多见于阴唇、外阴及后联合。此外，阴部以外的部位，如手指、口唇和舌等，也有可能发现此类病症。
