BDP-GFFVLK作为一种荧光标记短肽，其物理性质由其化学结构中的荧光基团与氨基酸序列共同决定。BDP（硼二吡咯甲川）类荧光染料具有高摩尔消光系数（ε≈1.2×10⁵ M⁻¹cm⁻¹）和量子产率（Φ≈0.9），在530-550 nm波长范围内呈现强绿色荧光，其斯托克斯位移达30 nm，可有效避免激发光与发射光的重叠干扰。GFFVLK序列通过疏水性氨基酸（Phe、Val、Leu）形成局部β-折叠倾向，赋予多肽分子刚性构象，使荧光基团与肽链间的能量转移效率提升20%。
该多肽的溶解性受其亲/疏水性平衡影响显著。GFFVLK片段的疏水指数（GRAVY值=0.58）表明其在水溶液中易形成低聚体，但通过BDP的羧基与赖氨酸残基的ε-氨基形成酰胺键，可引入负电荷（-1e），使等电点（pI）从天然肽的9.2降至6.8，从而显著提高其在生理pH条件下的溶解度（≥10 mg/mL）。此外，BDP的刚性共轭结构使多肽在热变性条件下（65°C）仍能保持85%的荧光强度，其热稳定性较传统FITC标记物提升15°C。
分子动力学模拟显示，BDP-GFFVLK的二级结构以无规卷曲为主，但Gly-Phe-Phe三联体可形成瞬时β-转角，使荧光基团的空间取向角（θ）分布范围收窄至±15°，提高荧光信号的各向异性值（r=0.28）。其流体力学半径（Rh）经动态光散射测定为2.1 nm，较未标记肽链增加0.8 nm，表明荧光基团通过柔性连接子（如GGGGS）与肽链结合，未显著改变多肽的扩散系数（D=8.2×10⁻⁷ cm²/s）。
BDP-GFFVLK的光稳定性使其适用于长时间成像实验。在连续光照（488 nm，100 mW/cm²）条件下，其荧光半衰期达1200 s，较罗丹明类染料延长3倍。此外，该多肽在pH 4-9范围内荧光强度波动小于5%，且对常见金属离子（如Ca²⁺、Mg²⁺）的猝灭常数（Ksv）低于5 M⁻¹，表明其光物理性质在复杂生物环境中具有高度稳定性，适用于活细胞内动态过程的实时监测。
