在分子生物学实验中，通过聚合酶链反应（PCR）对质粒进行验证是确定其正确性和完整性的关键步骤。然而，有时会遇到尽管质粒验证有条带，但同源 PCR 却无条带的情况。这一现象背后可能涉及多个方面的原因，以下将进行详细分析。
- 设计瑕疵：引物设计若不合理，是同源 PCR 失败主因。如引物与目标同源序列匹配度低、长度过短或 GC 含量异常，会削弱引物与模板结合。像引物过短，结合稳定性差，易在 PCR 时解离；3’端碱基若含连续 G 或 C，易形成引物二聚体，抑制目的条带扩增。
- 质量欠佳：引物合成有错误或纯度低，含杂质会竞争模板结合位点，降低有效引物浓度。保存不当致引物降解，失去结合模板能力，也无法扩增出条带。
- 浓度不当：模板（质粒）浓度影响扩增。浓度过低，引物与模板结合机会少，起始模板不足；浓度过高，杂质增多致非特异性扩增，或模板缠绕阻碍引物结合，都可能无条带。
- 结构修饰：质粒若有复杂二级结构，如发夹、超螺旋，会妨碍引物结合与聚合酶移动。DNA 甲基化等修饰改变其理化性质，影响引物和聚合酶作用，使同源 PCR 受阻。
- 成分异常：PCR 体系中，DNA 聚合酶、dNTP、Mg²⁺等成分关键。聚合酶活性因保存不当降低或失活，dNTP 浓度异常，Mg²⁺浓度不适，都会导致同源 PCR 无条带。
- 条件有误：变性、退火、延伸的温度和时间设置不当影响扩增。变性不充分，DNA 双链未解链；退火温度过高或过低，影响引物结合特异性；延伸时间不当，使 DNA 合成不完整或引发非特异性扩增。
- 仪器故障：PCR 仪温度不准、均一性差，影响扩增。移液器校准不准，移取成分量不符预期，致扩增失败。
- 污染干扰：PCR 灵敏，操作不规范致外源 DNA 污染，与目标模板竞争，干扰扩增，导致无条带或出现非特异性条带。
