基础知识概述:
6-JOE（6-羧基-4',5'-二氯-2',7'-二甲氧基荧光素）是一种常用的荧光染料，广泛应用于DNA测序、实时荧光定量PCR（qPCR）、生物共轭等领域。
CAS：82855-40-1
英文名：6-JOE
分子式：C23H14Cl2O9
分子量：505.26
规格标准：1mg、5mg、10mg
试剂厂家：陕西新研博美生物科技有限公司
结构式：
相关应用：
DNA测序：6-JOE是一种常用的荧光标记染料，适用于自动化DNA测序。
实时荧光定量PCR（qPCR）：可用于构建双标记探针，如TaqMan探针，与淬灭基团（如BHQ-1）联用，实现高灵敏度的实时PCR检测。
生物共轭：可用于标记含氨基的生物分子（如蛋白质、寡核苷酸），用于荧光标记。
使用方法：
1. DNA测序
6-JOE常用于自动化DNA测序中的荧光标记探针。
探针标记：
将氨基修饰的寡核苷酸溶于pH 8.5的碳酸盐缓冲液中。
按照10倍摩尔量加入6-JOE SE（琥珀酰亚胺酯）的DMSO溶液。
室温避光反应2小时。
通过凝胶过滤层析（如Sephadex G-25柱，PBS洗脱）或超滤离心（如Amicon Ultra离心管，3–10 kDa截留分子量）纯化，去除游离染料。
四色系统配置：
6-JOE标记的片段在550 nm处检测，与FAM（蓝色）、TAMRA（黄色）、ROX（红色）区分。
2. 实时荧光定量PCR（qPCR）
6-JOE可用于构建双标记探针，如TaqMan探针。
探针设计：
选择合适的引物和探针序列，确保探针与目标DNA序列互补。
探针的5'端标记6-JOE，3'端标记淬灭基团（如BHQ-1）。
反应体系：
在反应体系中加入标记好的探针、引物、dNTPs、Taq酶和模板DNA。
按照标准的qPCR程序进行扩增，通常为93℃预变性3-5分钟，然后进入循环扩增阶段：93℃ 40秒 → 58℃ 30秒 → 72℃ 60秒，循环30-35次。
3. 蛋白质与细胞标记
6-JOE可用于标记抗体或其他蛋白质。
抗体标记：
将1 mg抗体溶于0.1 M NaHCO₃（pH 9.0）中。
加入10倍摩尔量的6-JOE SE/DMSO溶液。
4℃反应4小时。
通过凝胶过滤纯化，去除未结合的染料。
4. 荧光传感器构建
6-JOE可用于构建分子信标和FRET探针。
分子信标：
6-JOE作为报告基团，与淬灭基团连接于发夹DNA的两端。
当分子信标与目标核酸杂交时，荧光恢复。
FRET探针：
6-JOE可与Cy3/Cy5等荧光团配对，用于检测蛋白相互作用，能量转移效率可达80%以上。
注意事项：
纯度标准95%+
保存建议：避免反复冻融，避光保存，储液应该立即使用，任何未用的溶液分装小份冷冻于 < -20°C
注意事项：仅用于科学研究
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