深圳新闻网2025年7月26日讯（深圳特区报记者 闻坤 实习生 冉曦芸）近日，深圳疾控-华大智造联合实验室基于华大智造T1+基因测序仪，对4例基孔肯雅病毒感染者进行测序溯源，其测序覆盖度均高于99.9%。
其中，1例本土及1例输入病例感染的病毒属于基孔肯雅东中南非型，另外两例境外输入病例感染的病毒属于基孔肯雅亚洲型（Asian分型），需结合人群流行病学调查结果对上述基因组溯源结果进行进一步判断。值得一提的是，其中1例低病毒载量样本（Ct=37），采用T1+进行宏转录组测序也获得全长序列。
除深圳疾控之外，T1+还助力完成基孔肯雅病毒溯源报告在各地疾控陆续输出，高效捕获病毒序列，支持疾控部门快速、精准、有效地制定防控策略。
据悉，基孔肯雅病毒属披膜病毒科甲病毒属，病毒颗粒呈球形，有包膜，直径60—70nm，只有1个血清型。根据病毒基因组遗传进化分析，可分为3个基因型，分别为西非型、东中南非型和亚洲型，其中东中南非型病毒突变形成的印度洋分枝（IOL）的病毒株，更易于经白纹伊蚊叮咬传播。
基孔肯雅病毒型别多样、突变位点多，传统的溯源方法为细胞培养后进行 Sanger测序，此法需要耗时数周，并且面对低病毒载量样本时细胞培养法成功率较低。同时，基孔肯雅病毒培养需要生物安全三级实验室环境，传统方法不适用于基层疾控、一线海关口岸。相比传统方法，宏基因组测序技术“免培养、广谱筛查、全基因组解析”的特性，使其成为应对新发突发传染病溯源工作的关键技术。
