睾丸结石的主要临床表现包括一般结石中毒症状，如全身疲劳、低热。局部睾丸可能出现轻度疼痛和隐性疼痛坠落感，早期诊断较为困难。少数急性病例常伴有附睾结石，表现为睾丸肿胀、疼痛明显，质地稍硬且光滑。有时还伴有输精管增厚，可触及结节或串珠状物。结合睾丸鞘膜积液时，睾丸会有囊性感且增大明显。当患者同时患有前列腺或精囊结石时，可能出现尿频、尿急、尿痛、性欲功能低下、阳痿、遗精、早泄以及血精等症状。
膀胱刺激症状是睾丸结石的重要早期症状之一。当结石杆菌引起膀胱粘膜炎症时，患者会出现尿频现象，白天和夜晚排尿次数逐渐增加，严重时每小时需排尿几次，甚至类似尿失禁。尿频的同时，可能会伴随尿急、尿痛，患者难以忍受，排尿结束时尿道或耻骨膀胱区域有灼痛感。
血尿也是睾丸结石的重要症状之一，通常与尿频、尿急、尿痛等症状同时出现。血尿主要来源于膀胱病变，但也可能来自睾丸本身。
