随着抗结核药物的广泛应用，肺结核的一些并发症如喉结核和肠结核已变得罕见。当肺内空洞及干酪样病变靠近胸膜部位破溃时，可引起结核性脓气胸。如果渗出性胸膜炎未得到及时治疗，胸水可能会逐渐干酪化甚至变为脓性，形成结核性脓胸。慢性纤维空洞型肺结核或一侧肺毁损可能并发肺气肿、肺大疱，导致自发性气胸，进一步发展可能导致慢性肺源性心脏病，甚至心肺功能衰竭。
肺结核病灶反复进展及纤维化会破坏肺内支气管的正常结构，引发继发性支气管扩张，患者常出现反复咯血，这种情况多见于上肺叶，称为干性支扩，严重时可致致死性大咯血。粟粒型肺结核偶尔会引起双侧自发性气胸。此外，支气管内膜病变还可能导致支气管内膜狭窄。
结核菌可通过血液传播至其他器官并潜伏，当人体免疫力极度减弱时，这些器官可能发生结核病，常见的有淋巴结、脑膜、骨及泌尿生殖器官等。在结核空洞中，肺曲菌病较为常见，且咯血是该病的主要死亡原因。
