肾的结构及其功能相关联的各个组成部分紧密而有序地组织在一起。肾门，位于肾脏内侧缘的中凹处，是肾血管、肾盂、神经和淋巴管进出的关键通道。这些穿经肾门的结构——肾动脉、肾静脉、肾盂以及相关的淋巴和神经组织，被共同包裹在一个称为肾蒂的结缔组织鞘内。肾蒂内部结构从前至后排列为肾静脉、肾动脉和肾盂；从上至下的顺序则是肾动脉、肾静脉、肾盂。
肾门不仅是血管、神经等结构进出的门户，它还延伸形成了一个容纳肾血管、肾小盏、肾大盏、肾盂及脂肪的腔隙，即肾窦。肾窦与肾门相互连通，是肾内部结构的延伸部分。肾脏本身形态独特，前缘向外凸出，后方贴近腹后壁，其大小约为长9.9厘米、宽5.9厘米、厚4厘米，重量大约134-148克。肾门大约处于第一腰椎水平面，与身体正中线相距约5厘米，这一区域在体表的对应投影点被称为肾区，位于第12肋与竖脊肌交界处附近，是临床检查肾病疼痛反应的常用部位。
肾动脉作为肾脏供血的主要通道，每侧各有一条，源自腹主动脉，在肠系膜上动脉下方不远处发出，穿过肾门进入肾脏。肾动脉在肾脏内部进一步分支为叶间动脉，这些血管深入肾实质，形成弓状动脉，随后分化出小叶间动脉，为肾小体提供富含氧气和营养的血液。血液经过肾小球滤过作用形成原尿后，经由出球动脉进入球后毛细血管网，血压逐渐降低，以适应肾小管的重吸收和分泌功能。最终，血液汇集成小叶间静脉，流向肾静脉并离开肾脏。
肾静脉负责收集肾脏代谢后的血液，它始于肾门，穿越同名动脉之前，汇入下腔静脉。这一过程伴随着与其他静脉的汇合，如左侧睾丸（卵巢）静脉的加入。
肾盂扮演着尿液汇集站的角色，其形状像一个锥形囊袋，位于肾脏之下，与输尿管相连。肾盂的作用在于聚集所有肾小管产生的尿液，之后尿液通过输尿管传输至膀胱，最终排出体外。简而言之，肾盂是尿液集中和转运的中转站。
