流行性角结膜炎需要与几种其他类型的结膜炎进行鉴别，包括流行性出血性结膜炎、慢性滤泡性结膜炎和急性细菌性结膜炎。
流行性出血性结膜炎由70型肠道病毒感染引起，潜伏期短，通常为18-48小时。除了结膜炎的一般症状外，其主要特征是结膜下出血呈片状或点状，从上球结膜向下球结膜扩散。少数患者可能伴有前葡萄膜炎，部分人还会出现发热不适和肌肉疼痛等全身症状。
慢性滤泡性结膜炎原因不明，常见于儿童和青少年，表现为双侧发病。患者的下穹顶和下睑结膜上可见大小均匀的滤泡，排列整齐且无融合倾向。虽然有结膜充血及分泌物，但不会导致结膜肥厚，几年后可自愈且不留痕迹，也不会引起角膜血管炎。
急性细菌性结膜炎也称为急性卡他性结膜炎，临床表现包括红肿、烧灼感，有时伴有畏光和流泪。患者的结膜会充血，并伴有中等量粘脓性分泌物。夜间睡眠时，上下眼睑睫毛常因分泌物而粘连在一起，通过结膜囊分泌物培养可以发现细菌阳性。
