海量文献不知道该如何选择？
众多的关键词，乱花渐欲迷人眼？
今天小编为大家推荐如下文章，包含了众多可引用的亮点，无论是实验设计、研究方法、数据分析、还是结果呈现，都清晰明了，详实有用。接下来，为大家逐一分析，将文中可引用的内容整合出来，以便参考。
实验设计
瘤胃原位培养示例图
文中可引用的亮点内容
1、16S扩增子引物
使用特定的引物（341F：5′-CCTAYGGGRBGCASCAG-3′，806R: 5′-GGACTACNNGGGTATCTAAT-3′）对16S rRNA基因的V3和V4区域扩增，扩增过程中使用6bp条形码，以便后续区分不同样本的序列。这对引物组合（341F-806R）在针对特定微生物群落研究中具有良好的通用性和特异性，如果在研究类似的微生物群落结构时，可以直接使用此对引物。
2、测序及质控
移除低质量reads后，剩余的paired-end reads使用FLASH工具进行合并。接着，进一步筛选序列以去除嵌合体和重复序列。
3、DADA2降噪及物种注释
使用QIIME 2中的DADA2软件100%降噪处理，获得物种组成的ASV特征表，最后使用naive Bayes classifier将ASV与SILVA v.138数据库进行分类学分配。
4、宏基因组宿主去除
首先使用Fastp对宏基因组数据进行质量控制，以修剪接头序列。然后，使用 BWA-MEM去除宿主牛、饲料中的植物序列，以及人类的序列，饲料中植物的参考基因组包括小麦、苜蓿、水稻、玉米以及大豆，从而有效降低背景干扰，提高数据的准确性和针对性，为微生态研究的数据预处理提供了很好的范例。
5、宏基因组组装：
采用 MEGAHIT进行宏基因组组装。
6、宏基因组binning
宏基因组组装获得的contigs通过MaxBin、MetaBAT2和CONCOCT三种不同方法进行binning，并使用 metaWRAP的bin refinement模块对获得的基因组进行整合。
7、MAGs评估标准
使用CheckM对Prokaryotic metagenome - assembled genomes（MAGs）进行完整性和污染评估，筛选完整性>50% 且污染<10%的MAGs，并使用dRep进行去重（阈值为99% ANI），获得非冗余MAGs；将其中完整性>80%且污染<10% 的1374个MAGs定义为高质量MAGs，并通过Prokka预测基因。
8、物种和功能注释流程
上一步获得的高质量MAGs均使用GTDB-Tk根据基因组分类数据库进行分类注释，使用PhyloPhlAn构建了一个最大似然的MAGs系统发育树，并通过iTol进行可视化。每个MAGs通过dbCAN2 注释碳水化合物活性酶（CAZyme），通过HMMER预测dockerin结构域；假定含有任何能够降解木质纤维素的CAZyme家族的基因组被识别为潜在的木质纤维素降解微生物群（LMs）；使用 PULpy预测多糖利用位点（PUL）；最后，获得的1353个LM-MAG被用作基因组数据库，以通过CoverM对来自12头奶牛反刍室和18个纤维附着型反刍室的宏基因组样本进行分配，并通过TPM来量化这些样本中每个基因组的丰度水平。
9、统计分析方法
采用 t 检验比较CON组和HG组在DM、NDF和ADF上的消化率；基于 Bray - Curtis距离的主坐标分析（PCoA）来识别两个组在ASV水平上的差异，并使用R的vegan包进行9999次置换的ANOSIM 检验；使用R包indicspecies和edgeR分析了CON组和HG组在8个时间点之间ASV的变化
10、宏基因组WGCNA
加权相关网络分析（WGCNA）用于构建基于显著变化丰度的ASV的共现模块。
美观的结果展示
1、MAG概况展示
共发1353个高质量MAGs参与木质纤维素降解，包含23个门，其中 Bacteroidota、Firmicutes_A 等门占比较大，基因数量与基因组大小呈强正相关。
图1 木质纤维素降解微生物组（LMs）的组成与酶基因分布
2. 关键功能/途径的溯源分析
在纤维素降解方面，Fibrobacter和Ruminococcus菌通过多种酶协同作用攻击纤维素纤维，且部分酶含CBM结构域；在半纤维素降解方面，Prevotella 和Cryptobacteroides通过PULs来处理半纤维素的主链和侧链。
图2 参与木质纤维素降解的主要酶家族及来源微生物弦图
3. 基于宏基因组的基因家族分析
高谷物饮食影响微生物群落和酶丰度，在纤维素降解中，Ruminococcus 和Hallerella丰度增加，Prevotella ruminicola等丰度降低；在半纤维素降解中，多种脱支酶和外切木聚糖酶丰度下降，主要归因于Prevotella丰度降低；木质素降解相关酶无显著变化。
图3 HG组相比CON组瘤胃微生物群木质纤维素降解潜力的变化
4. 宏基因组时序模式分析
高谷物饮食降低了木质纤维素的降解，主要影响半纤维素降解，降低了中性洗涤纤维（NDF）、酸性洗涤纤维（ADF）和半纤维素的表观消化率，且在瘤胃孵化初期影响半纤维素降解，扰乱微生物定植模式，降低微生物多样性。
图4 高谷物饮食干预下瘤胃木质纤维素降解关键阶段剖析
这么优秀的文章如何引用呢？
Lin L, Ma H, Zhang J, Yang H, Zhang J, et al. 2024. Lignocellulolytic microbiomes orchestrating degradation cascades in the rumen of dairy cattle and their diet-influenced key degradation phases. Animal Advances 1: e002 doi: 10.48130/animadv-0024-0002
https://www.maxapress.com/article/doi/10.48130/animadv-0024-0002
