物理驱动的自监督学习实现光场显微镜🔬快速高分辨率鲁棒三维重建(物理驱动电机)

光场显微镜🔬(LFM)及其变体技术显著推动了活体高速三维成像的发展。然而,由于现有重建方法在处理速度、保真度与泛化能力间的权衡限制,其实际应用仍受制约。本文提出物理驱动的自监督重建网络(SeReNet),适用于非扫描LFM与扫描LFM(sLFM),在毫秒级处理速度下实现近衍射极限分辨率。SeReNet利用四维信息先验,不仅比现有深度学习方法(尤其在强噪声、光学像差和样本运动等挑战条件下)具有更优的泛化能力,且处理速度较迭代层析提升700倍。通过微调可进一步优化轴向性能(作为可选模块,但会轻微降低泛化能力)。作者团队通过对活细胞、斑马鱼胚胎/幼体、秀丽隐杆线虫和小鼠的成像验证了这些优势。搭载SeReNet的sLFM现可实现长达数日的连续高速三维亚细胞成像,捕获超过30万个体积的大规模细胞间动力学过程(如免疫反应与神经活动),为广泛生物医学应用铺平道路。

4D多角度光场图像(空间x-y,角度u-v)到3D体积(空间x-y-z)的直接映射是病态问题(图1a),因测量像素数少于重建体素数。先前基于数据先验的监督方法易陷入局部最优,导致泛化能力差。该问题在复杂成像环境中尤为突出(因训练/测试数据的成像形成过程差异大)。相比之下,结合数字自适应光学(DAO)的迭代层析充分利用sLFM的4D测量提供的高维自由度,通过精确描述4D成像形成过程实现高保真重建(但迭代更新计算成本高)。此外,成像系统未捕获的未知信息可通过PSF先验在前向投影中滤除(不依赖大量数据先验)。基于此,SeReNet在自监督神经网络中利用4D空间-角度成像形成先验,无需训练数据对即可在毫秒级处理速度下实现高性能(图1b,c)

如图2,为系统评估SeReNet在复杂成像环境中的鲁棒性,研究团队通过四组关键实验进行量化验证:在噪声鲁棒性测试中,模拟线粒体标记的L929细胞在混合泊松-高斯噪声下的重建表明,NLL-MPG损失函数较传统L1损失显著提升信噪比(中心视图PSNR 35 dB vs 29 dB),多尺度结构相似性(MS-SSIM)分析进一步证实,SeReNet在极低光子条件下以0.92的MS-SSIM值显著超越迭代层析、VCD-Net和HyLFM-Net;运动校正实验中,针对人工诱导的非刚性运动,TW-Net生成的空间权重系数图实现了局部自适应补偿,使重建PSNR提升至33 dB(传统时间加权算法仅29 dB);像差容限测试显示,当样本被RMS=1λ的像差波前污染时,preDAO模块精确估计泽尼克模式振幅,将严重像差下(RMS=2λ)的MS-SSIM维持在0.85;跨样本泛化能力验证中,基于合成数据集"bubtub"训练的模型迁移至鼠尾自发荧光、油菜花切片等真实生物结构时,SeReNet仍保持0.92 MS-SSIM,显著优于监督网络的0.75(VCD-Net)和0.68(HyLFM-Net)。

如图3,研究团队在三种模式生物中验证SeReNet的活体亚细胞动态解析能力:斑马鱼胚胎实验中,SeReNet以220 nm横向分辨率清晰捕捉~1 μm迁移体的形成过程(迭代层析出现轴向拖尾),迁移体边缘的归一化强度分布半峰宽较迭代层析窄60%;盘基网柄菌成像显示,TW-Net成功消除高速迁移导致的条纹伪影(伪影区域强度降低80%),实现49个细胞的1260秒连续追踪,并精确解析直径~0.9 μm的细胞外囊泡(EV)生成事件,其强度分布标准差较迭代层析降低2.3倍;在线虫NeuroPAL全脑神经成像中,SeReNet以1.6 μm轴向间距解析腹神经索中紧密排列的4个神经元(AS9/DD5/VD10/VA10),神经元GCaMP6s的ΔF/F₀信号标准差降至0.08(迭代层析为0.16),信噪比提升200%。

如图4,通过建立小鼠肝损伤模型,研究团队利用SeReNet揭示免疫细胞亚尺度互作机制:在肝缺血再灌注损伤(LIRI)模型中,损伤24小时后中性粒细胞数量增至野生型2.5倍(p=5.89×10⁻³),SeReNet捕捉到库普弗细胞(KC)通过动态伸长的收缩纤维(15分钟内从10 μm延伸至40 μm)向中性粒细胞传递迁移体,并记录中性粒细胞沿3.5 μm长纤维向KC递送迁移体的过程(耗时60分钟);在药物性肝损伤(AILF)模型中,CD63+内皮细胞数量增加3.2倍(p=1.17×10⁻²),其表面标志物直径~2.1 μm,SeReNet以0.06 μm/s时空精度解析单核细胞趋化运动,明确其在46.5分钟时与CD63+内皮细胞发生黏附(细胞间距<5 μm)。

如图5,研究团队通过斑马鱼幼体炎症反应模型验证SeReNet的高通量处理能力:系统以每秒1体积速率连续采集48小时,获得345600个体积的72 TB数据,SeReNet在5天内完成重建(等效速度较迭代层析提升700倍);CellPose算法在重建体积中识别出124个细胞/帧(迭代层析仅40个/帧,p=1.07×10⁻¹⁵¹),定量分析揭示损伤后中性粒细胞数量增长速率达2倍(巨噬细胞1.5倍),迁移速度提升至0.08 μm/s(非损伤组0.03 μm/s),细胞邻近距离从120 μm压缩至40 μm(p<10⁻¹⁵⁴),首次实现两日内免疫细胞迁移轨迹的全尺度动力学建模。

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